Οι Αιώνες της σωπής
Ο 5ος αι. μ.Χ. βρήκε την Ελευσίνα χριστιανική. Δεν υπάρχουν στοιχεία για το προηγούμενο διάστημα, παρά μόνο κάποιες αναφορές σε κείμενα εκκλησιαστικών Πατέρων όπου καταγγέλονται τα "όργια των μυστών".
Το σχήμα του Αγίου Ζαχαρία (όμοιο με ανάλογα μικρασιατικά κτίσματα), αποκαλύπτει την επικοινωνία με άλλα χριστιανικά κέντρα.
Η βασιλική του Αγίου Ζαχαρία τοποθετείται στον 5ο αι.
Οι πειρατικές επιδρομές άρχισαν από τις αρχές του 7ου αιώνα. Μετά την κατάκτηση της Κρήτης από τους Άραβες ( 825 μ.Χ.) ,περίπου το 881, πραγματοποιήθηκε η καταστρεπτικότερη επιδρομή στις ακτές της δυτικής Πελοποννήσου, δυτικής Αττικής, και στα νησιά του Σαρωνικού. Οι κάτοικοι φεύγουν για την ενδοχώρα και φθάνουν σε πόλεις με μεγαλύτερη ασφάλεια, Θήβα, Αθήνα.
Τους Άραβες πειρατές διαδέχονται άλλοι - Μουσουλμάνοι, Γενοβέζοι, Νορμανδοί και έτσι η επιστροφή των κατοίκων είναι αδύνατη.
Το 13ο αιώνα η Αθήνα και όλη η Αττική καταλαμβάνονται από τον Όθωνα ντε λα Ρος (De la Roche) για λογαριασμό του βασιλιά της Θεσσαλονίκης, μέχρ5ι 1311.
Στις 11 Μαρτίου του 1311 τους Φράγκους αντικαθιστούν οι Καταλανοί.
Από το 1333 εμφανίζεται για πρώτη φορά στο κόλπο της Ελευσίνας ο στόλος των Τούρκων, όπου τον αντιμετωπίζουν οι δυνάμεις Βυζαντινών και Βενετών.
Το 1388 όταν η Αττική περιήλθε στον Φλωρεντινό οίκο των Ατζαγιόλι, η Ελευσίνα εξακολουθεί να είναι ακατοίκητη.
Την ίδια ακριβώς εποχή οι Αρβανίτες ολοκλήρωναν τη διείσδυσή τους στην Ελλάδα, ως το 1333 που δήλωσαν υποταγή στον Βυζαντινό αυτοκράτορα. Νέες αρβανίτικες ομάδες εγκαταστάθηκαν γύρω στα μέσα του 14ου αι. και τις αρχές του 15ου αιώνα . Αυτοί με τους λίγους ντόπιους, λόγω των επιδρομών, αποσύρονται στα ενδότερα, στα ΚΟΥΝΤΟΥΡΑ, διαλέγουν τη γη όπου ζουν για αιώνες την γεωργική και ποιμενική τους ζωή. Οι Κουντουριώτες Αρβανίτες μόνο προς το τέλος της Τουρκοκρατίας θα κινηθούν προς τη Μάνδρα, τη Μαγούλα και την Ελευσίνα, αφομοιωμένοι πια με τους άλλους κατοίκους της Αττικής.
Το 1458 η Αττική καταλαμβάνεται από τους Τούρκους οριστικά. Τον ίδιο χρόνο δίνονται τα πρώτα προνόμια στους κατοίκους της περιοχής, δημιουργείται ο καζάς ( περιφέρεια) των Αθηνών που περιλαμβάνει την περιοχή της Ελευσίνας αλλά από την Ελευσίνα ως το Μάζι και την Περαχώρα.
Με διαταγή του 1680 οι Τούρκοι ανανεώνουν τους τίτλους ιδιοκτησίας των Κουντουριωτών και έτσι αυτοί συνεχίζουν να μένουν στην περιοχή.
Η παγίωση της Τούρκικης κυριαρχίας, κυρίως όμως ο περιορισμός των πειρατών, άνοιξαν το δρόμο στους Κουντουριώτες προς τη θαλάσσια περιοχή.
Το 18ο αι. ο πληθυσμός έμεινε σταθερός, παρά την κάποια κίνηση που αναπτύσσει το λιμάνι της Ελευσίνας. Το 1798 αναφέρεται ότι ο πληθυσμός φθάνει τους 200. ( Olivier). Οι γύρω περιοχές όμως παρουσιάζουν όψη κωμοπόλεων: Το Μάζι είχε 30 σπίτια, τα Κούντουρα 300 σπίτια, τα Βίλια 150.
Το 1815 ο Pouqueville αναφέρει ότι βρήκε στην Ελευσίνα σαράντα οικογένειες, που καλλιεργούσαν την πεδιάδα και στο λιμάνι έφθαναν μικρά πλοία για να φορτώσουν ελιές, ρετσίνι, κρασί και λίγο στάρι. Ένα χάνι, ένα τελωνείο και λίγα μαγαζιά ήταν τα μόνα οικήματα. Στα Κούντουρα ζούσαν 300 οικογένειες, με 2100 κατοίκους συνολικά, από τους οποίους οι 730 αρματωμένοι.